Giáo sư Trần Văn Khê là thành viên của nhiều hội nghiên cứu âm nhạc trong nước Pháp, Mỹ, Trung Quốc và trên trường quốc tế:

• Hội Nhà văn Pháp (Société des Gens de Lettres) (Pháp)
• Hội Âm nhạc học (Société Française de Musicologie) (Pháp)
• Hội Dân tộc Nhạc học Pháp (Société Française d'Ethnomusicologie) (Pháp)
• Hội Âm nhạc học Quốc tế (Société Internationale de Musicologie)
• Hội Dân tộc Nhạc học (Society for Ethnomusicology) (Mỹ)
• Hội Nhạc học Á châu (Society for Asian Music) (Mỹ)
• Hội Âm nhạc Á châu và Thái Bình Dương (Society for Asian and Pacific Music)
• Hội Quốc tế Giáo dục Âm nhạc (International Society for Music Education)
• Thành viên và chủ tịch hội đồng khoa học của Viện Quốc tế Nghiên cứu Âm nhạc với Phương pháp Đối chiếu (International Institute for Comparative Music Studies) (Đức)
• Hội đồng Quốc tế Âm nhạc truyền thống (International Council for Traditional Music) nguyên phó chủ tịch (Mỹ)
• Hội đồng Quốc tế Âm nhạc (International Music Council/UNESCO), nguyên uỷ viên ban chấp hành, nguyên phó chủ tịch, đương kim Chung sanh hội trưởng danh dự (Pháp)
• Viện sĩ thông tấn, Hàn lâm viện châu Âu, Khoa Học, Văn chương, Nghệ thuật...